Het verhaal begint in 2003 met Thomas, een jongen met een niet-aangeboren verstandelijke beperking. Thomas woonde in een zorginstelling. Zijn vader, Hans van Putten, vond echter dat de aangeboden zorg te veel gericht was op protocollen en regels en te weinig ruimte overliet voor aandacht en persoonlijke zorg. 

Van Putten ontwikkelde daarom een innovatief zorgconcept: een woonoplossing waarbij zorgprofessionals samen met bewoners met een verstandelijke beperking een gezamenlijk huishouden vormen. In 2003 opende de eerste van de inmiddels 119 Thomashuizen als onderdeel van franchiseorganisatie De Drie Notenboomen.